1、品种区别
锦鲤是属于鲤科的，它们的原产地是日本，主要有白色、黑色、红色三种。而锦鲫属于鲫鱼，它们又被叫做草金鱼，是我国本土产的。颜色比较多，有红色、白色、黑色、黄色等。
2、外形区别
（1）锦鲤的嘴巴是朝下的，而且锦鲤有胡须。锦鲫的嘴巴是朝上的，没有胡须，但有的锦鲫头部会有肉瘤。
（2）锦鲫的尾巴比较大，游动起来比较优美，锦鲤的尾巴比较小。
（3）锦鲤的体型比较圆也比较胖，体长可以达到50厘米以上，锦鲫的体型都是瘦长的，体长最多可以达到30-40厘米。
二、锦鲤有什么好品种
1、白金锦鲤
它全身只有两种颜色金黄、白金，鱼鳞排列整齐，浑身发出如黄金般的灿灿晶光。
2、蝴蝶鲤
它们对周围环境的要求比较高，而且对环境的变化也是比较敏感的。在养殖的时候，需要注意的问题比较多，一旦环境不适宜的话就会影响它们的生长发育甚至生存。
3、龙凤锦鲤
龙凤锦鲤属于温带性的淡水鱼，适温范围8-30℃。龙凤锦鲤对环境的适应能力强，但是对水温的急剧变化抵抗力差。
4、三色锦鲤
（1）昭和三色拥有混厚的喷墨基色，而其红白两色则是在喷墨肌地上后天演变而成。
（2）日本新泻地区的鲤师们就在红白的基础上培育出带有墨色的色斑的红、白、黑三色锦鲤。因其出于大正时代故命名为大正三色。白底上有红色及黑色斑纹者称为“大正三色”。头部只有红斑而无黑斑，胸鳍上有黑色条纹者为基本条件。与红白同为锦鲤的代表品种。
5、五色锦鲤
五色锦鲤由浅黄和三色锦鲤交配产生，因身上有白红黑蓝靛而得名五色， 白五色时尤其以绯盘美丽的类型为佳。五色锦鲤对水温、水质的要求并不严格，生活的水浊范围为2-30摄氏度。对环境适应性极强。
6、九纹龙锦鲤
九纹龙锦鲤是锦鲤的一种，分布在中国和日本，特征是墨黑变化激烈如暗云汹涌的墨黑，仿佛是欣赏龙的水墨画。其墨纹边缘鲜明，如同秋翠锦鲤的左右对称的流水状，白斑以闪电纹为基本形态，有“蛟龙升天”的气势。
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