1、霜霉病
（1）植株茎基部的叶片开始发病，并逐渐向上蔓延，发病时叶背出现灰色的霜霉状物，叶面无明显的病斑。病斑出凹凸不平，随着病害进一步加重，病斑变为褪绿圆斑，逐渐变为褐色枯斑，在严重时枯斑连成大斑，最后导致叶片干枯而死。
（2）防治方式：收获时清理田间，减少越冬病源，加强田间管理，合理密植，注意通风和透光，发病时喷洒波尔多液或代森锌药液，以免病害扩大蔓延。
2、根腐病
（1）主要危害板蓝根植株的根系部位，须根和主根的根尖首先受害，发病时根系发病部位呈黑褐色，根系维管束呈褐色病变。到了病情后期整个根系腐烂，而地上植株也会由于缺乏养分和水分逐渐萎焉，直至枯死。
（2）防治方式：合理轮作，选择排水良好的土壤种植，在发病时可用多菌灵或甲基托布津灌穴防治，效果较好。
3、菌核病
（1）菌核病会危害整个植株，根、茎、叶、荚等部位皆可受害，茎染病时表层腐烂，茎秆破裂成乱麻状，布满菌丝，茎内外还有黑色鼠粪状菌核。叶片染病时出现水渍状的青褐色的病斑，后期会导致叶片腐烂，只留下叶脉。
（2）防治方式：水旱轮作，可以有效的减少病菌，在雨季要注意排水，降低田间湿度，合理密植，增强通风透光，发病时可用65％代森锌600倍液喷洒防治。
4、蚜虫
（1）蚜虫是板蓝根常见的害虫，板蓝根在遭受蚜虫危害后，种植会严重失水、卷缩、扭曲、变黄，严重影响产量和药用价值。
（2）防治方式：在种植时要远离十字花科作物，减少清除杂草以及前茬的病残体，减少虫源，发病时可用高效低毒农药氯氰菊酯进行喷施防治。
二、板蓝根的种类
1、菘蓝
（1）菘蓝别称茶蓝、板蓝根等，为十字花科菘蓝属二年生草本植物，茎直立，绿色，顶部多分枝，植株光滑无毛，带白粉霜。
（2）全国各地均有栽培，有清热解毒、凉血消斑、利咽止痛的功效，叶还可提取蓝色染料，种子榨油供工业用。
2、马蓝
（1）马蓝为爵床科板蓝属多年生一次性结实草本植物，高约1米，茎直立或基部外倾，通常成对分枝，幼嫩部分和花序均被锈色鳞片状毛，叶椭圆形或卵形，花无梗对生，组成腋生或顶生的穗状花序，花冠堇、玫瑰红或白色，蒴果棒状，种子卵圆形，花期11月。
（2）产于广东、海南、香港、台湾、广西、云南、贵州、四川、福建、浙江等地。
3、小果菘蓝
（1）小果菘蓝为十字花科菘蓝属一年生草本植物，高达50厘米，茎直立，基生叶长圆形，茎生叶线状披针形或线形，总状花序具少数疏生花，萼片长圆形。
（2）花瓣黄色，短角果椭圆形，种子长圆形，花果期5-6月，国内产于新疆，国外产于苏联、伊朗、巴基斯坦等地。
4、三肋菘蓝
（1）三肋菘蓝为十字花科菘蓝属一年或二年生草本植物，高40-120厘米，茎直立，基生叶倒卵状长圆形，茎生叶披针形，总状花序成大伞房状，萼片长圆形。
（2）花瓣带黄色，短角果长圆状倒卵形或长圆状椭圆形，种子长圆状椭圆形，花果期6-8月，产于我国内蒙古，苏联、蒙古也有分布。
5、欧洲菘蓝
（1）欧洲菘蓝为十字花科菘蓝属下的一个种，原变种，高30-80厘米，主根粗，茎直立，基生叶有长柄，茎生叶无柄，总状花序呈圆锥状，花黄色，花梗纤细，萼片长圆形。
（2）花瓣狭倒卵形，短角果不开裂长圆形，种子长圆状椭圆形，花期5月，果期6月，原产欧洲，现栽培于中国全国各地。
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