1、定义不同
（1）生物肥：狭义上的生物肥是指通过微生物的生命活动，使农作物得到特定肥料作用的制品。广义上的生物肥是指含有微生物及作物所需的各种营养元素的制品。
（2）水溶肥：是指可以完全溶解在水中，且含有氮、磷、钾、钙、镁、海藻酸、腐植酸、氨基酸及微量元素等物质的复合型肥料。
2、营养成分不同
（1）生物肥：自身没有养分，但富含有益菌。
（2）水溶肥：按养分含量可分为大量元素、中量元素、微量元素水溶肥料，含氨基酸、腐植酸等养分的功能性水溶肥也常见于市场。
3、用法不同
（1）生物肥：常被用作基肥、拌种、追肥。
（2）水溶肥：主要用法为根部冲施、叶面喷施、膜下滴灌、山地喷灌等。
二、水溶肥有什么优点
1、效果好
（1）水溶肥是随水浇灌施用，植物吸收快，快，通常在二十四小时内所施肥料即会被部分吸收和利用。
（2）因为水分充足，肥料会被吸收的相当完全，肥料利用率高，效果好。
2、水溶肥施用方式简单
无需机械穴施的复杂操作，也不需要叶面喷施的劳动付出，只需随水浇灌施用，方便快捷。
3、肥料使用均匀
（1）机械穴肥，局部肥料浓度大，易造成“烧苗”,或造成部分植物养分过剩和部分植物养分不足，达不到均匀使用的目的。
（2）叶面喷施，也不同程度地存在使用不均匀的问题。水溶肥料，是肥料全部溶于水后而使用的，因此对整块农田，对每株植物，肥料使用都是均匀的。
4、肥料利用率高
（1）穴施肥料会因掩盖不严，天气干旱等原因造成肥料损失。
（2）水溶肥溶于水，进入地下，被植物吸收，因此，与植物根系接触面大，吸收快，吸收率高，减少了因植物来不及吸收而造成的肥料损失，因此，随水施肥利用率高。
5、不损坏农作物
（1）机械追肥会破坏植物的部分根系，影响植物对肥料的吸收，也会一定程度的影响植物的正常生长。
（2）机械喷施，人工会对植物幼茎、幼枝、幼果、花等造成机械损伤。而水溶肥是随水浇灌施用，是“无声无息”的施肥，因此对植物不造成任何损伤。
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